Το πάντα επίκαιρο ζήτημα της διάκρισης κράτους – εκκλησίας, καθιστά θεμελιώδεις συνταγματικές έννομες σχέσεις πιο ευαίσθητες από ποτέ δημιουργώντας την ανάγκη σαφούς, κυρίως μεθοδολογικής, αποσαφήνισης.
Το Οικουμενικό Πατριαρχείο, ως οιονεί «Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Διεθνούς Δικαίου», συνδέεται με τον Ελληνικό Κράτος υπό το καθεστώς της «οιονεί » ομοταξίας και όχι του συστήματος της παραδοσιακής πολιτειοκρατίας, όπως η Εκκλησία της Ελλάδος. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα θεσμικά οι σχέσεις τους να διέπονται και να καθορίζονται με Συμφωνίες, συνεχή διάλογο, χωρίς μονομερείς ενέργειες και πρωτοβουλίες από πλευράς του κράτους. Το πλαίσιο αυτό διαλαμβάνει σημαντικό αντίκτυπο στην διοικητική υπόσταση και λειτουργία των Ορθόδοξων εκκλησιαστικών Επαρχιών του Οικουμενικού Πατριαρχείου στα Δωδεκάνησα που υπάγονται διοικητικά από το ίδιο το Σύνταγμα σε αυτό (άρθρο 3 παρ. 2). Με την διαιώνιση της αμοιβαίας επιφύλαξης και με την έλλειψη στρατηγικά συνεργατικών πρωτοβουλιών μέχρι σήμερα τα αόριστα κατ’ αναλογία και μόνο εκκλησιαστικά Ν.Π.Δ.Δ. της Δωδεκανήσου, είτε βρίσκονται σε «νομοθετικό κενό», είτε περιβάλλονται από μία αναλογική εφαρμογή διατάξεων που εφαρμόζονται στην Εκκλησία της Ελλάδος ή της ημιαυτόνομης Εκκλησίας της Κρήτης, θέτοντας σοβαρούς προβληματισμούς για την ουσία του κράτους δικαίου και την εφαρμογή της θρησκευτικής ελευθερίας.
Η κατάρτιση και ψήφιση από την Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου «Κανονισμού Διοίκησης και Λειτουργίας» των Επαρχιών Δωδεκανήσου καθώς και η επακόλουθη διαπιστωτική αναγνώριση από την Ελληνική Πολιτεία κατ’ εξουσιοδότηση του -κατευθυντήριου και μόνο- Ν. 4301/2014 (αρθρ. 22 και 23), τόσο του παραπάνω Κανονισμού όσο και της επίσημης πλέον αναγνώρισης της νομικής φύσης όλων των επιμέρους εκκλησιαστικών ορθόδοξων προσώπων της περιοχής ως Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου με δημοσίευση στο Φ.Ε.Κ. είναι πράξεις που θα επιλύσουν σημαντικές καθημερινές δυσλειτουργίες διασφαλίζοντας από τη μία τη χρηστή διοίκηση, διαφάνεια και νομιμότητα των ορθόδοξων εκκλησιαστικών οργανισμών της Δωδεκανήσου και αποκαθιστώντας από την άλλη τα δογματικά, διοικητικά και εκκλησιαστικά, κεκτημένα του Οικουμενικού Πατριαρχείου εντός της ελληνικής Πολιτείας υπό το πρίσμα της θρησκευτικής ελευθερίας και ισότητας.